COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.946326
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 4.005092
2021-06-08 17:00:00 3.139645 3.139645 4.039427
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.169443
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.276922
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.365103
2021-06-04 17:00:00 4.189880 4.189880 4.465030

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 3.391902
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.563668
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.568813
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.231061 3.503330
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.593919
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 3.695244
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 3.762957

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 9.326425 9.326425 9.288400
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 9.295484
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 9.092202
2021-06-07 17:00:00 1.851852 9.064327 8.669930
2021-06-06 17:00:00 15.422886 9.253731 8.489664
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 8.440706
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 8.667203

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.587976
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.732606
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.809394
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 4.896283
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.073915
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.214193
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 5.275668

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 3.444553
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.592205
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 3.740629
2021-06-07 17:00:00 8.416548 2.645344 3.829634
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 3.980705
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 4.074225
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 4.263847

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 7.741595
2021-06-09 17:00:00 5.176584 5.176584 7.733750
2021-06-08 17:00:00 5.813271 5.813271 7.700083
2021-06-07 17:00:00 17.032967 8.615898 8.044313
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 8.287026
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 8.603098
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 8.923341

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.758276
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.684129
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.565535
2021-06-07 17:00:00 2.183406 2.183406 2.403739
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 2.346733
2021-06-05 17:00:00 3.231764 5.733006 2.273074
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 2.173757

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.384027
2021-06-09 17:00:00 4.272076 4.272076 3.272285
2021-06-08 17:00:00 1.804492 2.537972 3.141776
2021-06-07 17:00:00 6.256901 6.256901 3.185825
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 3.206048
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 3.229556
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 3.220272

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.745172
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.824342
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.815849
2021-06-07 17:00:00 0.863132 1.639344 1.910410
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 1.986614
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 2.139004
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.278220

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.561766
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.654891
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.738174
2021-06-07 17:00:00 2.090079 1.190376 2.697339
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 2.764916
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 2.864762
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 2.986351

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 4.159261
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 4.424493
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.447224
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.627339 4.615474
2021-06-06 17:00:00 2.748259 5.778120 4.732894
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 4.855725
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.008684

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 1.188119 0.693069 0.942417
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 0.955574
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 0.982328
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 0.973710
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 1.005296
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 0.994294
2021-06-04 17:00:00 0.000000 0.000000 1.022140

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 5.302233
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 5.259987
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 5.013717
2021-06-07 17:00:00 1.762115 12.334802 4.927966
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 5.008747
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.963832
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 5.043972

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 3.059925
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 3.075083
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 3.179634
2021-06-07 17:00:00 2.395210 2.395210 3.112232
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 3.170859
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 3.196594
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.299326

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 3.205640
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 3.293872
2021-06-08 17:00:00 2.252992 2.252992 3.404375
2021-06-07 17:00:00 3.898635 2.197802 3.519133
2021-06-06 17:00:00 4.237845 4.237845 3.704977
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 3.761252
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 3.893164

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 7.767863
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 8.215921
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 8.303706
2021-06-07 17:00:00 9.135400 9.135400 8.492652
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 8.750651
2021-06-05 17:00:00 7.453704 7.453704 9.314099
2021-06-04 17:00:00 6.220248 6.220248 9.557469

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 0.698273 1.296486 1.820912
2021-06-09 17:00:00 1.436893 2.316844 1.901921
2021-06-08 17:00:00 0.876644 0.876644 1.951026
2021-06-07 17:00:00 0.674663 0.674663 2.009955
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 2.101379
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 2.102216
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.169065

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.834299
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.851444
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.859607
2021-06-07 17:00:00 4.961832 9.033079 5.892034
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 5.990796
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 6.068059
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 6.117841

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.777792
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.780573
2021-06-08 17:00:00 1.839738 3.260425 2.797378
2021-06-07 17:00:00 6.065201 2.795737 2.783339
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 2.851103
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 2.876594
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 2.957890

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 4.157041
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 4.239929
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 4.145218
2021-06-07 17:00:00 4.054054 1.047120 3.980118
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 3.995691
2021-06-05 17:00:00 3.769841 6.631763 3.973238
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.210296

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 6.666667 6.666667 4.319216
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 4.415303
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 4.486275
2021-06-07 17:00:00 9.677419 2.500000 4.869213
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 5.335166
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 5.511928
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 5.644737

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.433073
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 5.385875
2021-06-08 17:00:00 8.074534 8.074534 5.381916
2021-06-07 17:00:00 3.049759 3.049759 5.353546
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.428548
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.543139
2021-06-04 17:00:00 6.025896 6.025896 5.702392

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.470320 3.470320 3.391902
Basilicata 9.326425 9.326425 9.288400
Calabria 3.945372 3.945372 4.587976
Campania 3.219347 3.219347 3.444553
Emilia-Romagna 8.006626 8.006626 7.741595
Friuli Venezia Giulia 3.984820 3.984820 2.758276
Lazio 4.864594 4.864594 3.384027
Liguria 1.995723 1.995723 1.745172
Lombardia 2.950792 2.950792 2.561766
Marche 3.365033 3.365033 4.159261
Molise 1.188119 0.693069 0.942417
P.A. Bolzano 4.810997 4.810997 5.302233
P.A. Trento 2.089552 2.089552 3.059925
Piemonte 2.990613 2.990613 3.205640
Puglia 4.963680 4.963680 7.767863
Sardegna 0.698273 1.296486 1.820912
Sicilia 5.304445 5.304445 5.834299
Toscana 2.843137 2.843137 2.777792
Umbria 5.235602 5.235602 4.157041
Valle d'Aosta 6.666667 6.666667 4.319216
Veneto 5.060380 5.060380 5.433073

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu Jun 10 18:05:54 2021 revision 319, 14a7baed